好氧堆肥（即堆肥）是在有氧條件下，依靠好氧微生物（主要是好氧細菌）的作用使糞便中有機物質穩定化的過程。在堆肥過程中，糞便中的可溶性有機物質深入細胞，微生物通過自身的生物代謝活動，對一部分有機物進行分解代謝，即氧化分解以獲得生物生長、活動所需要的能量，把另一部分有機物轉化合成新的細胞物質，使微生物生長繁殖產生更多的生物體。
目前主流技術是中國農業科學院環發所的CAC膜式堆肥技術，將畜禽糞污收集起來后，利用輔料和菌劑進行預處理，通過CAC膜式堆肥技術發酵為有機肥料。發酵后的有機肥可以直接還田，起到改良土壤和給莊家提供養分的作用，并減少化肥施用量。CAC膜式堆肥技術的 優點是環保無臭，高溫發酵聯動技術殺滅有害病蟲卵等，功能膜阻擋臭氣大分子外溢，堆體一米以外完全無臭，可無害化各類畜禽糞污等有機廢棄物。
糞便堆肥具有以下特點：
（1）自身產生一定的熱量，并且高溫持續時間長，不需要外加熱源，即可實現無害化。
（2）使纖維素這種難于降解的物質分解，堆肥物料礦質化、腐殖化，產生重要的土壤活性物質。
（3）基建投資低，易于管理，設備簡單。
（4）產品無味無臭、質地疏松、含水率低，便于運輸和后續商品肥料加工。
目前，好氧堆肥是養殖場普遍使用的糞便處理設備的工作方式。
