糞污處理方法有很多，相對于“好氧堆肥”，還有一種叫做“厭氧堆肥”。
厭氧堆肥是在無氧的條件下，借助厭氧微生物（主要是厭氧細菌）將有機質進行分解，被分解的有機碳化合物中的能量大部分轉化貯存于甲烷中，僅一小部分有機碳化合物氧化成二氧化碳，釋放的能量供微生物生命活動需要的過程。
厭氧堆肥又稱沼氣干發酵，其原料中總固體含量在20%左右。厭氧堆肥按發酵溫度可分為常溫發酵（自然發酵）、中溫發酵和高溫發酵。常溫發酵的主要特點是發酵溫度隨自然氣溫的四季變化規律而變化，但沼氣產量不穩定，因而轉化效率低。
中溫發酵的溫度控制恒定在28℃~38℃，沼氣產量穩定，轉化效率較高。
高溫發酵的溫度控制在48℃~60℃，分解速度快，處理時間短，產氣量高，能有效殺死寄生蟲（卵），但需加溫和保溫設備。目前，厭氧堆肥主要用于養殖糞污處理。
